মামলার অভিযোগ সূত্রে জানা যায়, নিহত জুবায়েদ হোসেন বিশ্ববিদ্যালয়ের পড়াশোনার পাশাপাশি টিউশনি করাতেন। গত ১৯ অক্টোবর বিকেল সাড়ে ৪টার দিকে তিনি বংশাল থানাধীন ৩১নং ওয়ার্ডের নুর বক্স লেনের ১৫নং হোল্ডিং ‘রৌশান ভিলায়’ পড়ানোর জন্য যান।
হত্যাকাণ্ডের বিষয়ে চাঞ্চল্যকর তথ্য আসে ওই ছাত্রীর মাধ্যমেই। অভিযোগমতে, ১৯ অক্টোবর সন্ধ্যা প্রায় ৫টা ৪৮ মিনিটের দিকে ওই ছাত্রী (বর্ষা) জুবায়েদ হোসেনের বিশ্ববিদ্যালয়ের ছোট ভাই সৈকতকে মেসেঞ্জারে জানায় যে, ‘জুবায়েদ স্যার খুন হয়ে গেছেন, কে বা কারা তাকে খুন করে ফেলেছে।’
খবরটি ওইদিন রাত আনুমানিক ৭টার দিকে জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্র মো. কামরুল হাসান জুবায়েদের ভাই এনায়েত হোসেনকে মোবাইল ফোনে জানান। খবর পেয়ে এনায়েত তার শ্যালক শরীফ মোহাম্মদকে সঙ্গে নিয়ে রাত সাড়ে ৮টার দিকে ঘটনাস্থল রৌশান ভিলায় পৌঁছান। ভবনের নিচতলা থেকে ওপরে ওঠার সময় তিনি সিঁড়ি এবং দেয়ালে রক্তের দাগ দেখতে পান। পরবর্তী সময়ে ভবনের তৃতীয় তলার একটি কক্ষের পূর্ব পার্শ্বের সিঁড়িতে জুবায়েদের রক্তাক্ত মরদেহ উপুড় অবস্থায় দেখতে পান তিনি।
ময়নাতদন্ত শেষে গত ২০ অক্টোবর জুবায়েদকে কুমিল্লার কৃষ্ণপুর গ্রামে দাফন করা হয়।